Pierre-Yves Gerber est actif dans les domaines de recherche et projets scientifiques suivants :

Domaines de recherche

• Développement et intégration sociale
  Les axes de recherche spécifiques y relatifs concernent les aspects suivants :
  - Relations interpersonnelles
  - Régulation émotionnelle

• Hétérogénéité, intégration scolaire et relation pédagogique 

• Professionnalisation et dynamiques organisationnelles 

Projets scientifiques

• 2018-2022 : Développement des compétences psycho-affectives
• 2015-2018 : Hétérogénéité et école inclusive : les enfants dits à haut potentiel
• 2015-2018 : Observatoire de la profession enseignante dans l'espace national de la formation